Οι περιφερειακές υπηρεσίες υγείας που θα ενταχθούν από 1.1.2012 στον ΕΟΠΥΥ αναφέρονται σε κοινή υπουργική απόφαση των υπουργών Εργασίας και Υγείας. Ειδικότερα οι υπηρεσίες που εντάσσονται στον νέο φορέα είναι:

1) Από το ΙΚΑ−ΕΤΑΜ:

• Οι Νομαρχιακές Μονάδες Υγείας
• Οι Τοπικές Μονάδες Υγείας
• Πολυϊατρείο τ. ΤΑΞΥ Αττικής
• Τα Τοπικά Ιατρεία
• Τα Διαγνωστικά Κέντρα και Ιατρικής της Εργασίας
• Τα Κέντρα Παιδοψυχικής Υγιεινής
• Τα Κέντρα Προληπτικής Ιατρικής
• Τα Ειδικά Διαγνωστικά − Θεραπευτικά Κέντρα
• Οι Σταθμοί Άμεσης Βοήθειας (ΣΑΒ)
• Οι Υγειονομικές Υπηρεσίες που δεν αποτελούν οργανικές μονάδες και λειτουργούν μέχρι σήμερα ενταγμένες στις υπηρεσίες ασφάλισης του Ιδρύματος.
• Τα Τμήματα Φαρμακευτικού των Περιφερειακών και Τοπικών Υποκαταστημάτων του Ιδρύματος.

2) Από τον ΟΠΑΔ:

Όλες οι Υπηρεσίες Περίθαλψης Ασφαλισμένων του Δημοσίου (Υ.Π.Α.Δ.)

3) Από τον ΟΓΑ:

Τα Τμήματα Ιατροφαρμακευτικής Περίθαλψης των Περιφερειακών Υποκαταστημάτων του.

4) Από τον ΟΑΕΕ:

Τα Τμήματα Περίθαλψης και Υγειονομικού των Περιφερειακών του Διευθύνσεων.

Οι ασφαλισμένοι των εντασσόμενων στον ΕΟΠΥΥ φορέων θα εξακολουθούν να προσέρχονται για θέματα παροχών ασθένειας σε είδος, στις υπηρεσίες από τις οποίες εξυπηρετούντο μέχρι σήμερα και οι οποίες θα συνεχίσουν να προβαίνουν στον έλεγχο και την απόδοση των δικαιούμενων ποσών, σύμφωνα με το Ε.Κ.Π. του ΕΟΠΥΥ.

Η υποβολή των δικαιολογητικών και η εκκαθάριση των δαπανών των παροχών υγείας θα γίνεται στις Περιφερειακές Υπηρεσίες του ΕΟΠΥΥ (πρώην Υ.Π.Α.Δ.).

Η αρμοδιότητα της έκδοσης βιβλιαρίων ασθενείας και της χορήγησης ασφαλιστικής ενημερότητας των ασφαλισμένων των ΙΚΑ−ΕΤΑΜ, ΟΑΕΕ και ΟΓΑ θα ασκείται από τους οικείους ασφαλιστικούς φορείς.

Όσον αφορά τους ασφαλισμένους του Δημοσίου, η αρμοδιότητα της έκδοσης βιβλιαρίων ασθενείας θα συνεχίσει να ασκείται από τις κατά τόπους Περιφερειακές Υπηρεσίες του ΕΟΠΥΥ (πρώην Υ.Π.Α.Δ.).